Cotija viene de cutixani, palabra de origen chichimeca que quiere decir "lugar donde la garganta está más ensanchada". Se localiza al oeste del Estado en las coordenadas 19º48' de latitud norte y 102º42' de longitud oeste, a una altura de 1,630 metros sobre el nivel del mar. Limita al norte con Jiquilpan al noroeste con Villamar, al este y sur con Tocumbo, al oeste y suroeste con el Estado de Jalisco.