Situat en l'edifici de la Pia Almoina de Banyoles. Posseeix importants col·leccions d'arqueologia i paleontologia del Pla de l'Estany, iniciades l'any 1933. S'hi exposen faunes fòssils dels jaciments d'Incarcal, materials de les coves paleolítiques de Serinyà, del poblat neolític de la Draga, i de la vil.la romana de Vilauba.

Mapa sensible que duu a cadascuna de les diferents "seccions": Empúries, Girona, Ullastret, Olèrdola, Barcelona, Tarragona, Centre d'Arqueologia Subacuàtica de Catalunya.

El MNAT mostra en les seves col·leccions una clara vocació romanista, orientada especialment a la importància històrica i monumental de la ciutat de Tàrraco.